Воспитанник СДЮШОР "Зенит". Первый тренер - В. И. Петров.
Выступал за "Светогорец" (Светогорск).
В основной состав «Зенита» сумел пробиться в 2001-м году, и за несколько лет сумел стать лучшим бомбардиром команды в истории российских первенств. В 2006-м году Александр Кержаков перешел из «Зенита» в испанский клуб «Севилья», в составе которого выиграл Кубок УЕФА сезона 2006-2007, стал обладателем Кубка и Суперкубка Испании. В следующем сезоне Кержаков вернулся в Россию и стал выступать за московское «Динамо», в составе которого регулярно боролся за первые строчки в бомбардирских рейтингах России.
В январе 2010-го года вернулся в родную команду, подписав 4-х летний контракт.